Joseph H. Pilates nació en Alemania en 1880. Fue un niño con muchas debilidades físicas, afectado por el raquitismo y el asma. La ambición por sanar su cuerpo le condujo a practicar diferentes tipos de entrenamiento físico desde temprana edad. Junto con la gimnasia y el culturismo estudió también técnicas orientales como el yoga, llegando a ser modelo para dibujos anatómicos.

En 1912 se traslada a Inglaterra para ganarse la vida como boxeador profesional, artista de circo e instructor de defensa personal, llegando a formar a la policía de Scotland Yard en esta última categoría.

A principios de la I Guerra Mundial, a causa de su nacionalidad alemana es internado en un campo de concentración. En este tiempo comienza, de forma intensa, a desarrollar el concepto de un método de entrenamiento físico. Dedicó este tiempo al yoga, a estudiar el movimiento animal y a entrenar con su método al resto de los refugiados a base de ejercicios sobre colchonetas. Se dice que todos ellos, gracias a la resistencia física que alcanzaron, superaron la gran epidemia gripal de 1918.

Ejerció como enfermero y fisioterapeuta en hospitales militares con el objetivo de lograr que los enfermos recuperaran su forma física antes de ponerse en pié. Empleando los utensilios que estaban a su disposición, instaló muelles y poleas a las camas para entrenar a los enfermos y esto hizo que se recuperaran de forma mas rápida y efectiva. A raíz de tal beneficiosa experiencia, Joseph H. Pilates comenzó a diseñar y fabricar unas máquinas exclusivas para su método de entrenamiento físico.

Después de la guerra regresa a Alemania y entrena a la policía de Hamburgo, trabajando también junto con los representantes más importantes del entrenamiento físico y del mundo del ballet.

Insatisfecho con el trato político y social del país, emigra a Nueva York. Durante la travesía en barco conoce a Clara, una enfermera que se convertiría en su esposa e inseparable colaboradora.

En 1926 abre su estudio en el edificio del New York City Ballet, y aquí comienza a tratar y trabajar con bailarines y coreógrafos como M.Graham y G. Balanchine. Este trabajo se basa en centrar y estabilizar el cuerpo, lo que explica la profunda conexión del método Pilates con la danza. De este modo,Pilates se convierte en el secreto de bailarines, deportistas y actores, ya que, a pesar de primeramente emplear el método como rehabilitación de sus lesiones, descubren posteriormente que este entrenamiento los mantenía en una forma física que los beneficiaba en su propia actividad profesional.

Hasta su muerte en 1967 Pilates continuó perfeccionando y dando a conocer su método.